サンファンシトの歴史は、それが存在する山の鉱物の豊富さと密接に関連しています。
スペイン人が到着する前に、トルパン/ジカケ族の子孫は今日、この地域の鉱物を小規模に搾取しました。 16世紀、スペイン人はこの地域の山から鉱石を抽出するために短命の試みを行いました。先住民を労働力として使用し、山腹から金と銀を採取し始めました。しかし、数年後、先住民はひどい病気と労働条件によって非常に荒廃したので、スペイン人は信頼できる労働力の源泉なしで、ホンジュラスの他の一見実行可能な場所に移動しました。