蚊の潟水生保護区はポンセ・デ・レオン入り江の南、ボルシア郡南部のフロリダ州東中部にある。 2つの法人化された自治体-ニュースミュルナビーチとエッジウォーター-に隣接し、オーランドの北東50マイルにある。 モスキート・ラグーンはインディアン・リバー・ラグーン（IRL）システムの一部であり、西側はフロリダ州本土、東側はバリアー諸島の鎖で区切られた長くて幅の広い浅い河口のラグーンである。 モスキートラグーン水生保護区は、IRLシステムの最北の亜盆地にあり、砂州造りの河口のタイプである。 IRLシステムは北端のポンセ・デ・レオン入江から南端のジュピター入江まで156マイルにわたっている。 バンドウイルカ、ウミガメ、マナティー、様々な魚種、ワニ、鳥類の生息地である。 また、赤と黒のマングローブの生息地の最北端、低湿地と高湿地の生息地、広範囲のカキバーと干潟を支えている。