この教会の歴史は、アルカラ市の発展にとって極めて重要なものであり、さらに、聖地としてトレドの大司教たちから与えられた保護も加わっています。古代の殉教地の跡地に、教会が建てられました。トレド大聖堂の建設を主導したロドリゴ・ヒメネス・デ・ラダによって再建され、「大司教の礼拝堂」として知られるようになりました。その後、1290年にガルシア・グディエル大司教によって拡張されました。カリージョ大司教の要請により、1477年に教皇シクストゥス4世が発布した教皇勅書によって、この教会はカレッジ教会としての地位に昇格しました。

スペインの偉大な枢機卿、ペドロ・ゴンサレス・デ・メンドーサは、この教会にルネサンスをもたらし、カスティーリャに新しい思想潮流を受け入れる姿勢をもたらしました。この時期の12月15日、1485年12月15日、カスティーリャのイサベル1世女王がアルカラでインファンタ・カタリナ（後のアラゴン王妃カタリナ）を出産されました。彼女は8日後に、メンドーサ枢機卿自らが執り行った洗礼を、カレッジ教会（1991年以降は大聖堂となっています）で受けました。カトリック両王、フェルナンド王とイサベル王妃、そしてその子供たち――当時7歳だったフアン王子、およびフアナ、イサベル、マリアの各王女――が洗礼式に出席しました。

アルカラ・デ・エナレスにおいて、17世紀の最も重要な修道院の一つであるサン・ベルナルド修道院は、トレドの大司教兼枢機卿ベルナルド・デ・サンドバル・イ・ロハスによって創設されました。

内部は驚くべきもので、質素なカーテンのような外観とは意図的に対照をなしており、楕円形の平面配置と、それを覆う壮麗な楕円形のドームが特徴的です。このドームは、スペインで同種のものとしては最大規模を誇ります。

この建物は、当時最も重要な巨匠であった建築家フアン・ゴメス・デ・モラの手によるものです。フアン・ゴメス・デ・モラは、家柄や受けた教育を通じてフェリペ2世の宮廷建築と関わっていましたが、彼自身の作品は主にフェリペ3世およびフェリペ4世の治世の間に手がけられました。

この教会の建設期間中、フアン・ゴメス・デ・モラは、エル・エスコリアル修道院のパンテオンやサラマンカのイエズス会王立学院など、王室関連のプロジェクトにも携わりながら、この教会の建設作業と並行して作業を進めていました。

この教会は、ヴィニョーラが設計したローマのサンタ・アンナ・デイ・パラフレンイエリ教会をモデルとしており、その教会はセルリオの『建築論』に基づいています。