サン・セバスティアーノの地下墓地がある場所は、古代には深い窪地で、ポゾラーナの採石場として使われていました。

地下坑道は埋葬用ニッチを得るために再利用され、地上には、いくつかのコロンバリアが建設され、少なくとも2つの住居システム（いわゆる小さなヴィラと大きなヴィラ）が、顕著な絵画的な壁面装飾を備えていました。

2世紀半ば頃、谷底が埋められてピッチが作られ、その片側に3つの霊廟が立て続けに建てられました（クロディウス・ヘルメス、イノケンティオレス、アクス）。

トリクリアと呼ばれる、親衛隊を讃える数々の落書きが書かれた壁で囲まれたポルティコが建設されるために、この一帯はさらに埋められたのです。ペテロとパウロは、250年頃、この場所で一緒に崇拝されていました。

この場所に、コンスタンティヌス帝（(306-337)）は、ローマのサーカス（「circiforme」と呼ばれる）の形をしたバシリカを建てました。

一方、3世紀にはすでに、殉教者セバスティアヌスとエウティキオの墓があるカタコンブが地下で発展し始めました。